Tematyka badawcza Zakładu osadzona jest w problematyce inżynierii chemicznej oraz inżynierii bioprocesowej. Wykorzystując metody i techniki badawcze charakterystyczne dla inżynierii procesowej, prowadzone są badania naukowe nad rozpoznaniem mechanizmów zjawisk transportu pędu, ciepła i masy, matematyczny ich opis oraz doświadczalna weryfikacja poszczególnych procesów jednostkowych jak i całych ciągów technologicznych.